حصل الدكتور محمد الرفاعي على بكالوريوس جراحة الأسنان من جامعة جوركيس في دونيتسك، أوكرانيا. وبعد ذلك، تابع تخصص زراعة الأسنان في لبنان. علاوة على ذلك، قام بتوسيع خبرته من خلال إجراء دورات في علاج جذور الأسنان، وطب الأسنان الترميمي، والأطراف الصناعية للأسنان (التيجان والجسور)، والتجميل حول الفم لتعزيز مجموعة مهاراته